食品微生物學檢驗是運用微生物學的理論與技術，按照相應的檢驗方法檢測食品中微生物的種類和數量，并根據國家微生物限量標準，評價食品衛生、質量與安全的一門應用性學科。GB 4789.1《食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 總則》規定了食品微生物學檢驗基本原則和要求，其適用于所有食品的微生物學檢驗。
一、實驗室基本要求
1.檢驗人員
微生物檢驗應由具有相應的微生物專業教育或培訓經歷，掌握包括常規微生物檢測、無菌操作、消毒知識、生物防護等相關的知識和專業技能，并具備相應檢驗資質的人員實施檢驗。
2.環境與設施
食品微生物檢驗應在潔凈區域進行。潔凈區域的級別應按照GB 50687《食品工業潔凈用房建筑技術規范》中“附錄A 食品生產良好衛生生產環境”中規定的 “Ⅱ級背景下的Ⅰ級”，即傳統意義上10000級背景下的100級。病原微生物的分離鑒定工作應在二級或以上生物安全實驗室進行，生物安全實驗室應按照GB 50346《生物安全實驗室建設技術規范》設計和施建，并符合《中華人民共和國生物安全法》(草案)、GB 19489《實驗室 生物安全通用要求》等要求，以保證人員與環境的生物安全。
3.實驗設備
實驗室應配備滿足檢測工作要求的儀器設備，如天平、培養箱、水浴鍋、冰箱、均質器、顯微鏡、生物安全柜等。其中培養箱的配置應考慮到用途、控溫范圍、控制精度和數量的要求。對結果有重要影響的儀器的關鍵量或值，如培養箱溫度及其均勻性和穩定性等指標要求，應納入設備的校準/檢定計劃，并保證校準/檢定設備的修正因子/誤差得到及時更新和正確使用。
4.檢驗用品
無菌采樣容器、試管、平皿、錐形瓶等在使用前應保持清潔和/或無菌。無菌工器具和器皿應有明顯標識以與非無菌工器具和器皿加以區別。
5.培養基和試劑
培養基和試劑的制備和質量要求按照GB 4789.28的規定執行。
6.質控菌株
實驗室必須保存有滿足試驗需要的標準菌種/菌株，除檢測方法中規定的菌種外，還應包括應用于培養基（試劑）驗收/質量控制、方法確認/證實、陽性對照、陰性對照、人員培訓考核和結果質量的保證等所需的菌株。標準菌株應可溯源至微生物菌種保藏專門機構或專業權威機構。
二、樣品的采集
1.采樣原則
采樣是食品檢驗過程中首要而且極其重要的環節，其對檢驗的結果的有效性有著直接影響。因微生物分布的不均勻性，采樣應遵循隨機性和代表性的原則，過程遵循無菌操作程序，防止一切可能的外來污染。
2.采樣方案
根據檢驗目的、食品特點、批量、檢驗方法、微生物的危害程度等確定采樣方案。采樣方案分為二級和三級采樣方案。二級采樣方案設有n（同一批次產品應采集的樣品件數）、c（最大可允許超出m值的樣品數）和m值［微生物指標可接受水平限量值(三級采樣方案)或最高安全限量值(二級采樣方案)］，三級采樣方案在二級采樣方案的基礎上設有M值（微生物指標的最高安全限量值）。
對于沙門氏菌、單核細胞增生李斯特氏菌、大腸埃希氏菌O157:H7等危害程度高的微生物，GB 29921《食品安全國家標準 食品中致病菌限量》中規定均為二級采樣方案：n=5，c=0，m=0。對于金黃色葡萄球菌和副溶血性弧菌危害程度較低的微生物，GB 29921規定均為三級采樣方案，如水產制品中金黃色葡萄球菌和副溶血性弧菌限量標準均為：n=5，c=1，m=100 CFU/g，M=1000 CFU/g，含義是從一批產品中采集5個樣品，若5個樣品的檢驗結果均小于或等于m值(≤100 CFU/g)，則這種情況是允許的；若≤1個樣品的結果(X)位于m值和M值之間(100 CFU/g<X≤1000 CFU/g)，則這種情況也是允許的；若有2個及以上樣品的檢驗結果位于m值和M值之間，則這種情況是不允許的；若有任一樣品的檢驗結果大于M值(>1000 CFU/g)，則這種情況也是不允許的。
3.采集樣品的貯存和運輸
采樣后應在接近原有貯存溫度條件下貯存樣品，或采取必要措施防止樣品中微生物數量的變化，盡快將樣品送往實驗室檢驗，并在運輸過程中保持樣品完整。
三、檢驗
1.樣品處理
實驗室接到送檢樣品后認真核對登記，并按要求盡快檢驗，若不能及時檢驗，應采取必要的措施，防止樣品中原有微生物因客觀條件的干擾而發生變化。各類食品樣品處理應按相關食品安全標準檢驗方法的規定執行，GB 4789系列（17-25）共有包括肉與肉制品、乳與乳制品、蛋與蛋制品等9個食品類別的樣品處理方法。
2.樣品檢驗
按食品安全相關標準的規定進行檢驗，一般食品中微生物指標都采用GB 4789系列進行采樣、前處理和檢驗。但也有些產品類別在相應食品安全國家標準中有明確要求，如GB 8537《食品安全國家標準 飲用天然礦泉水》、GB 14963《食品安全國家標準 蜂蜜》中的嗜滲酵母計數、GB 14934《食品安全國家標準 消毒餐（飲）具》等。如GB 17400《食品安全國家標準 方便面》微生物限量明確適用于面餅和調料的混合檢驗。
3.過程質量控制
實驗室應根據需要設置陽性對照、陰性對照和空白對照，定期對檢驗過程進行質量控制。同時也應定期對實驗人員進行技術考核，加強實驗室各要素風險評估和過程質量控制。
四、記錄與報告
實驗室應按照檢驗方法中規定的要求，準確、客觀、及時地記錄實驗現象并報告檢驗結果。日常抽檢微生物原始記錄也有相應的信息要求，如應包含樣品編號、檢驗時間、檢測地點、檢測項目、檢測依據、檢測關鍵設備名稱和編號、關鍵培養基名稱（追溯至具體品牌、批號及配制記錄）、關鍵試劑信息、檢驗過程中使用的標準菌株信息、樣品具體取樣量及所使用稀釋液名稱、培養箱溫度及培養時間、詳細結果記錄、空白、陰性和陽性對照結果記錄等信息。
五、檢驗后樣品的處理
檢驗結果報告后，被檢樣品方能處理。檢出致病菌的樣品要經過無害化處理。鑒于微生物分布的不均勻性和動態變化性，國際食品法典委員會頒布的《食品微生物標準的制定和應用原則》規定，不合格批次不得通過復檢否定初次檢驗的結果。同理，GB 4789.1規定“檢驗結果報告后，剩余樣品和同批產品不進行微生物項目的復檢”，《食品安全抽樣檢驗管理辦法》（總局15號令）也明確規定“檢驗結論為微生物指標不合格的食品不予復檢”。
