最新生物學(xué)信息圖表標(biāo)準(zhǔn)發(fā)布

    歐洲生物信息學(xué)研究所攜手全球30個(gè)實(shí)驗(yàn)室 最新生物學(xué)信息圖表標(biāo)準(zhǔn)發(fā)布

    物理學(xué)家組織網(wǎng)8月11日?qǐng)?bào)道稱，歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室下屬的歐洲生物信息學(xué)研究所（EMBL-EBI）,與遍布世界的30個(gè)實(shí)驗(yàn)室一起聯(lián)合發(fā)布了一套用圖表表示生物學(xué)信息的新標(biāo)準(zhǔn)。如同電子學(xué)中的電路圖一樣，該套標(biāo)準(zhǔn)圖表的應(yīng)用將會(huì)使生物學(xué)研究領(lǐng)域中復(fù)雜信息的交流更加容易，使模型變得準(zhǔn)確、高效和容易理解。新標(biāo)準(zhǔn)稱為系統(tǒng)生物學(xué)圖釋（SBGN）,發(fā)表在近期出版的《自然·生物技術(shù)》雜志上。

    標(biāo)準(zhǔn)化的圖表，做為一種視覺(jué)語(yǔ)言，被廣泛應(yīng)用于多個(gè)學(xué)科領(lǐng)域。使用標(biāo)準(zhǔn)圖表法傳達(dá)復(fù)雜信息，表意清晰、易于理解。但在圖表信息占據(jù)重要地位的生物學(xué)領(lǐng)域，卻一直沒(méi)有統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)圖表描述所有的生物化學(xué)反應(yīng)、路徑和網(wǎng)絡(luò)。

    2005年，各國(guó)的研究人員開(kāi)始努力開(kāi)發(fā)一種專門(mén)用于分子和系統(tǒng)生物學(xué)研究的新圖表標(biāo)準(zhǔn)，即SBGN項(xiàng)目。該項(xiàng)目由日本東京系統(tǒng)生物學(xué)研究所的北野宏明發(fā)起，英國(guó)辛克斯頓歐洲生物信息學(xué)研究所的尼古拉斯·勒·諾瓦克和美國(guó)加州理工學(xué)院的邁克爾·胡克負(fù)責(zé)協(xié)調(diào)。研究團(tuán)隊(duì)則包括生物化學(xué)家、模型制作人員和計(jì)算機(jī)科學(xué)家。

    勒·諾瓦克指出，在基因組學(xué)時(shí)代，特別是高通量技術(shù)出現(xiàn)之后，生物學(xué)數(shù)據(jù)的規(guī)模總量有了大幅度增長(zhǎng)，SBGN會(huì)使研究人員更容易了解彼此的模型，更有效地分享數(shù)據(jù)。它將使眾多的系統(tǒng)生物學(xué)家從中受益，無(wú)論他們研究的重點(diǎn)是生化進(jìn)程中的哪個(gè)環(huán)節(jié)。

    為了確保新圖表不會(huì)變得過(guò)于龐大、復(fù)雜，研究人員定義了三種不同類型的圖解，互相補(bǔ)充，描述分子過(guò)程、實(shí)體關(guān)系和生化活動(dòng)中的各個(gè)環(huán)節(jié)。報(bào)道稱，SBGN十分簡(jiǎn)單，有眾多研究團(tuán)體的廣泛參與，相信這種表示法將會(huì)迅速得到廣泛的應(yīng)用。